Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Muhammadiyah Probolinggo awalnya bernama Sekolah Tinggi IlmuTarbiyah (STIT) Muhammadiyah Probolinggo. STIT Muhammadiyah Probolinggo berdiri pada tanggal 6 September 1986. Mendapatkan ijin operasional dari Kopertais Wil. IV melalui SK No. 05/II/Kop.Wil.IV/1988 tanggal 28 April 1988. Status legalitas kelembagaan selanjutnya, status terdaftar melalui SK Menteri Agama RI Nomor 76 tahun 1990. Berdasarkan SK Menteri Agama Nomor: 257 tahun 1995 tanggal 17 Juni 1995 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Probolinggo yang memiliki dua program studi, yaitu Prodi Pendidikan Agama Islam dan Prodi Ahwal Syakhsyiyah/Hukum Islam).